捷克共和国有许多不同类型的保护区。最受保护的是各大国家公园，园内的动植物无论在国际上还是在捷克共和国境内都具有独特的科学和教育价值。
捷克共和国四大国家公园：
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国家公园 |
建成时间 |
面积 |
最高海拔 |
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克尔科诺谢国家公园（Krkonoše NP） |
1963 |
363平方千米 |
1,602米 |
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迪耶河畔国家公园（Podyjí NP） |
1991 |
63平方千米 |
536米 |
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舒马瓦国家公园（Šumava NP） |
1991 |
685平方千米 |
1,378米 |
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波希米亚瑞士国家公园（České Švýcarsko NP） |
2000 |
79平方千米 |
619米 |
克尔科诺谢国家公园
克尔科诺谢国家公园包括捷克共和国最高山脉和它山脚下的一些地区。当地自然环境特色：山脚下有落叶林和混交林，山脉上有原始和次生山云杉林、矮松树和茂盛的高山草甸，最高山脊上有冰川圆形盆地谷和地衣冻原。
网址：www.krnap.cz
迪耶河畔国家公园
迪耶河畔国家公园位于兹诺伊莫（Znojmo）和Vranov nad Dyjí城镇之间的迪耶河畔，靠近奥地利边界，是中欧一处保护良好的独特生物群落区。当地自然环境特色：马赛克岩石边坡和陡峭石壁包围的独特河谷、蜿蜒的河道、大片碎石区和峡谷、冲积平原草地和长着喜温植物的明媚森林草原。
舒马瓦国家公园
舒马瓦国家公园包括舒马瓦山脉最珍贵的地区，园外还设有一处同名风景保护区。当地自然环境特色：园内中央地带几乎85%土地覆盖森林。海拔较高的地方有原始森林遗迹、众多湿地和高位沼泽以及冰川湖。当地许多受保护的动植物种都是冰河时代的遗留物种。
波希米亚瑞士国家公园
波希米亚瑞士国家公园地处捷克共和国西北部地区一处风景如画的地区。它位于捷克易北河砂岩山脉，山脉南侧有一座易北河（拉贝河）流经的小城名叫杰钦。波希米亚瑞士东达卢萨蒂亚山脉，西至厄尔士山脉。当地自然环境特色：独特砂岩地貌，生物多样性丰富，植物种类丰富的茂盛山毛榉森林与砂岩上大片松树和云杉林相映成趣。当地动物包括猞猁、雕鸮和游隼。